Não sei o que você está tentando fazer, mas tente o seguinte:
@echo off
:Q3
echo ====================================
echo Do you want to be skilled in:
echo.
echo Speed (1)
echo Enchanting (2)
echo Pickpocket (3)
echo Attack (4)
echo Magic (5)
echo.
echo Say the Number it's labeled as. (1-5)
echo.
echo =====================================
SET /P QU3="INPUT:"
if "%QU3%"==1 (SET SPEE=1)
if "%QU3%"==2 (SET ECH=1)
if "%QU3%"==3 (SET PIC=1)
REM if "%QU3%"== 4 set
REM if "%QU3%"== 5
echo %QU3% was selected
pause
Recomendo que você leia este tutorial para saber mais sobre a sintaxe do arquivo em lote: link