As propriedades svn: ignore são apagadas apenas se você copiar o arquivo com o explorador de arquivos (pelo menos no OpenSuse) executando a cópia via linha de comando com o comando:
cp -r new-package/* old-package/
Não remove as ignores definidas em todas as subpastas (e recursivamente todas as pastas abaixo da primeira).
EDIT: Eu não tenho certeza se isso é comportamento normal ou simplesmente acontece sob OpenSuse, alguém pode confirmar isso?