Acabamos de encontrar este e tentei o auto-ajuste / auto -configure no meu monitor DELL. Parece ter resolvido o problema. Mas quando eu mudei para o meu PC com Windows 7 (eu uso um switch KVM para alternar entre meus PCs), vi que isso afetou o posicionamento lá.
Então, eu brinquei com configurações de resolução de tela no meu PC com Windows 7 e mudei a taxa de atualização do padrão de 60 Hz para 75 Hz. E voila! Ele se posicionou de volta ao normal! Depois de ler em este post que se repete na inicialização toda vez, eu tentei reiniciar o sistema, bem como desligar e ligá-lo novamente também. Posso confirmar que está de volta ao normal agora.
Isso consertou o problema, mas por causa da minha curiosidade eu adoraria conhecer a mecânica por trás disso. Seria útil se alguém explicasse qual é a razão exata por trás desse comportamento. Não aparece como algo que tem a ver com o xrandr depois de tudo!