Eu escolheria o pacote fornecido pela sua distribuição / sistema operacional.
Porque, se você fizer isso, o gerenciador de pacotes saberá que essas bibliotecas estão instaladas. (Eles geralmente não verificam se as bibliotecas existem somente se o pacote com as bibliotecas estiver instalado).
E se você tentar instalar outro pacote que dependa dessas bibliotecas,
- tem que dizer ao gerenciador de pacotes de alguma forma que as bibliotecas já estão instaladas (por exemplo, criando um pseudopackage para elas)
ou
- o gerenciador de pacotes instalará os pacotes com as bibliotecas e você terá duas versões dessas bibliotecas em seu sistema.