Sim, isso não deve ser um problema, contanto que você esteja substituindo a unidade que está atualmente sendo reconstruída e não outra. O RAID 5 pode sofrer apenas uma perda no disco rígido.
Depois de substituir a unidade, a reconstrução deve ser reiniciada. Eu normalmente troco de disco enquanto o sistema está desligado, só por segurança, mas isso não é 100% necessário.
Os controladores RAID são inteligentes o suficiente para reiniciar ou retomar a reconstrução quando detectam o status da matriz. Se houver uma nova unidade, ela será reconstruída. Se o servidor for reiniciado, ele será retomado na próxima inicialização.