Eu não tive nenhuma sorte em consertar isso (e dado que minha máquina virtual é devido a uma reconstrução eu posso apenas mudar para o Mint), mas eu descobri que alternar o estado maximizado do Windows 'unsticks' deles. Talvez este seja um bug raro que resulta do uso do Unity dentro de uma VM.
Eu escrevi um script para alternar todas as janelas, então é muito mais fácil trabalhar com esse bug:
#!/bin/bash
#
# Resets all Windows after triggering Ubuntu/VirtualBox windowing bug
#
# @todo Filter out windows we don't need, using grep
for window in 'wmctrl -l | cut -d " " -f 1'; do
# Debugging
#echo $window
# Looks like doing just one axis doesn't work
wmctrl -i -r $window -b toggle,maximized_vert,maximized_horz
wmctrl -i -r $window -b toggle,maximized_vert,maximized_horz
# Activate them as well
wmctrl -R $window
done
Outras respostas aqui sobre como investigar isso são muito bem-vindas, mas enquanto isso eu tenho registrou um bug com os desenvolvedores do Unity.