Isso porque xfce4-terminal é independente do servidor X. Veja esta resposta no SuperUser, uma irmã site para perguntar ao Ubuntu.
Eu configurei minha chave de composição em /etc/default/keyboard :
~ $ cat /etc/default/keyboard
# Check /usr/share/doc/keyboard-configuration/README.Debian for
# documentation on what to do after having modified this file.
# The following variables describe your keyboard and can have the same
# values as the XkbModel, XkbLayout, XkbVariant and XkbOptions options
# in /etc/X11/xorg.conf.
XKBMODEL="pc105"
XKBLAYOUT="us"
XKBVARIANT=""
XKBOPTIONS="compose:lwin"
Agora, a tecla de composição está funcionando em todos os aplicativos GUI (Chrome, Firefox, Notes, emacs etc). No entanto, ele não está funcionando no xfce4-terminal e também em qualquer de seus subprocessos. Por exemplo, quando eu inicio o emacs a partir do menu, a tecla de composição funcionará, mas se eu iniciá-lo a partir do terminal (e uma nova janela da GUI for aberta) a chave de composição falhará.
Isso porque xfce4-terminal é independente do servidor X. Veja esta resposta no SuperUser, uma irmã site para perguntar ao Ubuntu.