Com o Boot Camp em sua própria partição do Disco Rígido, você poderá inicializar o Recovery, CMD + R na inicialização e apagar a partição HD do Macintosh, mantendo a partição do Bootcamp totalmente intacta.
Antes de fazer isso, no entanto, certifique-se de ter um backup completo de todo o disco rígido e de suas partições, caso haja algum problema ou perda de dados. Você pode criar uma máquina do seu Mac OS e também usar o Cloning Software (como o WinClone) para fazer uma cópia da partição do Bootcamp. Você também pode criar um backup do Bootcamp dentro de sua partição usando o utilitário de backup do Windows.
Quando tudo estiver pronto, apague a partição do Mac OS e reinstale-a. Uma vez instalado, você deve estar pronto e capaz de inicializar livremente entre eles novamente.