Reinicializar duas vezes não é muito, se é que existe alguma coisa.
Pode ser benéfico reinicializar antes da atualização. Isso finalizaria todas as atualizações do sistema operacional ou aplicativos que possam impedir a execução de uma atualização.
Após a aplicação de uma atualização, talvez seja necessário reinicializar para aplicar essas atualizações. Quando essa atualização estiver concluída, novas atualizações poderão estar disponíveis. Isso normalmente acontece quando as atualizações precisam ser aplicadas em uma determinada ordem. Se novas atualizações estiverem disponíveis, elas podem exigir uma reinicialização. É aqui que acho que sua confusão é. Esta situação acontece frequentemente após a instalação de um sistema operacional, ou você não atualizou o sistema operacional há muito tempo, e há muitas atualizações que precisam ser aplicadas.