Estou tendo um problema muito parecido com o meu drive de fusão DIY no El Capitan. A diferença é que eu posso instalar o El Capitan. Mas, após a primeira reinicialização, quando o sistema operacional estiver totalmente instalado (ou seja, você pode assistir ao YouTube, navegar no inet, etc.) O sistema começa a ter problemas como inet apenas pára de funcionar e coisas estranhas acontecem. Então eu reinicio, pela primeira vez, apenas inicializa com o símbolo da maçã com a barra e nunca mostra nenhum progresso. Então eu divido a unidade e reinstalei o capitan e tudo funciona bem.
Possível correção está desativando a Proteção de Integridade do Sistema (sem raiz). Isso pode funcionar para você, não tenho certeza. O link para ele é link
Vou dar uma chance se não funcionar, vou repostar.