O SQL-Server não sabe nada sobre seu código PHP - ele apenas percebe uma série de consultas e instruções sendo enviadas para ele. Se sua função PHP não é atômica com relação às operações do banco de dados que ele executa, você deve explicitamente lidar com essas condições de corrida, por exemplo, bloqueando a tabela ou as linhas relevantes.
Observe que, dependendo do nível de isolamento que você está usando, as alterações nos dados das tabelas realizadas por uma sessão podem ou não estar visíveis para as outras sessões. Esse isolamento, no entanto, por si só, não é suficiente para garantir a atomicidade de uma função.