O Visual Studio precisa do sistema de projetos para rastrear qual versão do .NET Framework você está direcionando e quais DLLs você referenciou. Não há como sair da estrutura do projeto para fazer isso.
Você pode olhar para a estrutura de projeto mais leve (xproj) usada pelo ASP.NET 5 . Outra alternativa seria o Código do Visual Studio , que não exige um sistema de projeto.