Então a sua pergunta está em duas partes
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O acesso remoto à web do Windows Server 2012 oferece suporte a IPv6?
Sim. -
Posso acessar uma rede IPv6 de uma rede IPv4?
Não.
O que você está pedindo seria semelhante a mim perguntando se eu poderia ligar para alguém no skype pelo nome de usuário usando meu telefone fixo - são dois protocolos totalmente separados. É possível se comunicar em ambos os protocolos separadamente, desde que seu ISP seja capaz de fornecer isso.
Como o TOOGAM sugeriu como comentário a essa pergunta, há serviços por aí que fornecem um proxy IPv6 <-> IPv4
que você pode usar ou comprar para se conectar ao seu endereço IPv6 residencial a partir de uma rede IPv4 externa.