Parece que o filtro "! local" não funciona no seu caso, você está marcando pacotes locais para usar o ISP, para que eles se percam na Internet. Tente adicionar as regras de mangle no começo da lista de mangle.
/ip firewall mangle
add chain=prerouting dst-address=192.168.1.0/24 action=accept
add chain=prerouting dst-address=192.168.3.0/24 action=accept
Isso forçará os pacotes locais a deixar a lista de mangle, então eles não serão marcados.