Aplicativos portáteis funcionarão normalmente, você só precisará criar novos atalhos.
A grande maioria dos aplicativos para os quais isso não funcionará, arquivos de registro / arquivos de configuração, material em% APPDATA%, permissões de firewall, etc., causará um comportamento estranho.
Use o ninite para reinstalar rapidamente qualquer material mainstream e fazer manualmente qualquer coisa que ele não inclua.