RoboCopy (incorporado ao Windows) é seu amigo aqui.
robocopy [path to old server directory] [path to new server directory] /mir /l
/mir
indica que você deseja espelhar o diretório do servidor antigo no diretório do novo servidor
/l
apenas lista os arquivos que seriam copiados, sem copiá-los
Se o número de arquivos e diretórios for grande, talvez você queira registrar a saída em um arquivo para facilitar a visualização.
/log:C:\logfile.txt
O Robocopy relatará todos os arquivos ou diretórios no servidor antigo, mas não no novo servidor como Novo arquivo ou Novo diretório. Arquivos no novo servidor que não estão no servidor antigo serão reportados como Extra.
Como sempre, você pode executar robocopy /?
para opções adicionais.