Eu resolvi adicionando ao emacsinit.m a seguinte linha:
setenv('EDITOR', clientcommand);
na última linha do bloco if usejava(..
) e iniciando o modo matlab no arquivo .emacs
;; Setting up matlab-mode
(server-start)
(add-to-list 'load-path "/your/matlab/emacs/path")
(load-library "matlab-load")