Talvez não seja a maneira mais elegante, mas você pode primeiro arquivar os arquivos por máscara, apagar a árvore de arquivos e descompactar o arquivo com os caminhos.
Por exemplo:
7z a -r my_archive penstyle-opacity.plt
ou:
7z a -r my_archive "palette-library\penstyle-opacity textures\penstyle-opacity.plt"
Tente escolher o que melhor se adequa a você.