Basicamente, o VirtualBox é um simulador de ambiente virtual.
Portanto, ele funcionará como um contêiner, fornecendo os componentes necessários exigidos pelo sistema operacional convidado (neste caso, o Kali Linux), mas também o abrigando completamente para que não atrapalhe o funcionamento do ambiente Host (windows). / p>
Eu acredito que você pode ir em frente, o GRUB não destruirá nada fora do VirtualBox.