Bem, você tem duas opções que você pode extrair ou enviar pelo backup. Pessoalmente eu iria empurrar o backup dos desktops para o servidor usando a ferramenta de backup do Windows (se você não quiser comprar um terceiro).
Eu configuraria um compartilhamento chamado Backup no servidor.
Vá para os desktops que o Vista e o Windows 7 têm na ferramenta. Menu Iniciar > Painel de controle > Sistema e manutenção > Backup e restauração > Configurar backup
Em seguida, selecione "Salvar em uma rede" > Digite o compartilhamento UNC > Avançar > pick Deixe-me escolher em vez de recomendado e selecione sua pasta.
Em seguida, defina a programação e você deve estar pronto para ir!