Você precisa instalar o gerenciador de inicialização (Grub) no disco externo:
Inicialize a partir do disco ativo e, em seguida:
mount /dev/sdX /mnt/
mount -t proc none /mnt/proc
mount -o bind /dev /mnt/dev
chroot /mnt/ /bin/bash
/usr/sbin/grub-install --recheck --no-floppy /dev/sdX
reboot