A idéia é merge branch B na ramificação A, mas apenas mesclando commits que não entrariam em conflito no processo (é claro que isso pode tornar outros commits 'conflitantes' também, já que eles dependem de um commit antigo conflitante, mas isso está ok).
Acho que isso não pode ser realmente chamado de fusão quando alguém pula alguns commits e é mais parecido com um cherry-pick :
cherry-pickall commits in historical order, skipping those that do not work
Mas existe outra maneira (melhor) de fazer isso? Eu definitivamente preciso de uma lista de todos os commits ignorados. Caso haja tal caminho, esta lista precisa ser fornecida.
Se eu acabar escrevendo um script bash passando por todos os commits, fornecer uma lista desse tipo é possível. Mas eu não peço que você escreva um, eu só quero ter certeza de que não há maneira mais fácil / melhor antes de fazer isso!