Você não pode. Embora muitas vezes eu tenha pensado que seria útil, a ponto de considerar criar software para criar um, a maioria dos sistemas de arquivos (NTFS definitivamente incluídos) não suportam a unificação de dois diretórios da maneira que você pergunta.
Existem muitos problemas que você precisa para criar alguma solução. O que acontece se você adicionar um arquivo a uma pasta quando um arquivo com o mesmo nome já existir na outra pasta ou tentar adicionar um novo arquivo / pasta diretamente à união (qual pai aparece dentro dele)? O que acontece com a união se você excluir uma das pastas ou renomeá-la? O que acontece se suas permissões forem diferentes, então uma pasta pode ser lida pelo usuário X, mas a outra não? Todas essas perguntas (e muitas outras que serão encontradas tentando isso) têm respostas potenciais, mas a resposta é melhor para um determinado caso de uso ou o método de implementação será diferente.
Agora, com isso dito, o Windows (Vista e posterior) tem o conceito de uma "Biblioteca" que pode armazenar arquivos de vários diretórios. Por exemplo, cada usuário tem uma biblioteca "Música" que, por padrão, mantém a união da pasta pessoal de músicas e também da pasta de música pública (todos os usuários). As bibliotecas têm um monte de limitações, a mais notável delas é que elas não estão realmente no sistema de arquivos - não há um caminho para elas que você possa colocar em um script, e você não pode abrir um prompt de comando que aponta para um - mas eles podem ser úteis, no entanto. Para mais informações, leia aqui: link