Eu tive problemas parecidos na minha máquina do Windows algumas semanas atrás. Corrigi a minha máquina ao remover programas maliciosos de "Programas e funcionalidades" & Lista de programas de inicialização.
Eu sugiro que você comece olhando a lista de programas instalados em sua máquina, veja se há algum programa que você não reconhece e então olhe para o diretório instalado deles.
Também gostaria de ver os programas que são carregados durante a inicialização, navegando para "Gerenciador de Tarefas > Guia Inicial" (no Windows 8 e acima), para ver se há algum programa que você não reconhece.
Se você identificar qualquer programa suspeito na lista de inicialização, desative-os e reinicialize sua máquina. Veja se você ainda recebe "Mensagens de aviso".
Se você tiver algum bom ponto "Restauração do sistema" disponível, a restauração ajudaria tão bem, eu acho.