Eu percebo que esta é uma questão antiga, mas, considerando que eu experimentei o mesmo problema, e que essa questão aparece no Google, achei que colocaria uma resposta.
No Ubuntu 13.10, tive o mesmo problema e resolvi-o inserindo o seguinte comando no terminal:
killall unity-panel-service
Isso redefine o painel imediatamente e exibe o relógio.
Obviamente, eu estava executando o Unity quando experimentei esse problema.
Eu encontrei esta resposta em Atualizado para 13.10 agora as configurações do relógio estão todas desativadas e o relógio não é exibido