Receio não poder ajudá-lo com uma solução rápida e difícil. Em vez disso, gostaria de acrescentar à discussão as experiências que tenho tido com a exportação do JS do Flash CC2015.
Certifiquei-me de que os PNGs que foram para o Flash fossem sRGB para melhor compatibilidade de cores entre os navegadores. Certifiquei-me de especificar na propriedade de imagem no Flash para usar a imagem original na exportação. Resultado: o Flash mudou o espaço de cores das imagens ao exportar.
Agora lidei com uma agência que não deseja imagens em subpastas. Mas o Flash não permite especificar uma subpasta. Então, eu exporto uma vez, arrasto as imagens para fora da pasta "images" (nome padrão) e apago o diretório no JS manualmente. Resultado: as imagens são exibidas na animação, mas em uma escala diferente e posicionamento diferente (com uma âncora diferente).
Aparentemente, o único remédio para todos esses problemas é: Desative a exportação de imagens no Flash e cole manualmente as imagens originais (pré-Flash) na pasta de saída. Cada. Solteiro. Tempo.