Eu uso o codec padrão para codificação e não gosto da qualidade do áudio, mesmo se houver uma taxa de bits de áudio maior.
ffmpeg -y -i input.avi -i watermark.png -filter_complex \"scale=-2:'min(360,ih)',overlay=(main_w-overlay_w)-20:(main_h-overlay_h)-20\" -codec:v libx264 -profile:v main -preset slow -maxrate 400k -bufsize 800k -codec:a aac -strict experimental -b:a 320k -crf 20 output.mp4 1> error.log 2>&1