Quando você seleciona todas as pastas e analisa as propriedades, o Windows irá enumerar todos os arquivos e calcular o tamanho combinado.
No entanto, esse processo é executado com sua conta de usuário, portanto, apenas os arquivos e pastas aos quais você tem acesso serão enumerados. Isso não levará em consideração as pastas nas quais você não tem pelo menos permissões de leitura.
Mesmo com direitos de administrador completos, há uma pasta que você não pode acessar por padrão.
Um bom exemplo (provavelmente o maior em tamanho) é a pasta "informações de volume do sistema".
Se você executa um software de backup que usa tecnologias Microsoft VSS, há um instantâneo de volume que reside nessa pasta e que pode usar muito espaço.