Se esses endereços MAC estivessem em segmentos diferentes da rede, isso poderia levar a uma situação do tipo arp spoofing, em que um switch tinha que decidir qual caminho enviar um determinado pacote para baixo.
No entanto, como eles são conectados à mesma interface, a placa de rede receberá o pacote e, em seguida, o encaminhará para o comutador Hyper-v. (particularmente porque a interface estará em modo promíscuo nesse ponto)
A menos que você esteja vendo um problema específico que possa estar relacionado a isso, não é algo com que eu me preocuparia, e imagino que isso seja realmente feito assim por design.