Basicamente, o controlador USB ("hub raiz") traduz USB para PCI (-Express). Veja também Relação entre USB e PCI e Como interpretar a saída de 'lsusb' - Quais são todos esses hubs raiz da Linux Foundation? para mais explicações.
Assim, qualquer dispositivo que fale USB, como sua webcam ou um módulo bluetooth, pode ser conectado internamente a um hub USB.
Estes dados e comandos USB têm que acabar na sua CPU ou memória. Os hubs fazem isso conversando com o controlador, que por sua vez fala com o resto da sua máquina através de PCI (-Express).