Eu pesquisei e não encontrei nada que correspondesse à minha situação com o Ubuntu 14.04 Desktop. Eu tenho um sistema de monitor duplo e as janelas do meu aplicativo desaparecem depois de um sono. Aqui está passo a passo:
Eu tenho aplicativos abertos e em execução
Minhas telas vão dormir
Eu acordo o sistema com o movimento do mouse
O Windows desapareceu, mas a barra principal e o iniciador estão visíveis e funcionando
Eu pressiono Alt + Tab e os aplicativos são selecionáveis
Eu seleciono qualquer um dos ícones de aplicativos
A janela do aplicativo não se torna visível
Clicar no ícone do aplicativo na barra de ativação também não torna a janela visível
Neste ponto, tenho que clicar com o botão direito do mouse no ícone na barra de ativação e selecionar sair para usar qualquer um dos aplicativos disponíveis anteriormente.
Eu também não sei o suficiente para saber se estou usando o Unity ou não.
EDIT: Eu descobri algo interessante sobre tudo isso hoje. Eu posso usar Alt + Tab e selecione o aplicativo invisível, em seguida, pressione Alt + F7 e use a tecla do cursor para a esquerda para trazer a janela para a área visível. Por alguma razão, as janelas estão sendo empurradas para fora da tela para a direita quando a tela dorme; isso é incrivelmente chato.