É meio difícil entender sua situação com pouca informação. Então eu tenho que postar aqui porque eu não tenho 50rep para comentar.
você remove o A attr usando o chattr, a menos que o arquivo tenha o bit imutável definido. assim, por exemplo, para
# lsattr toaster-hero && ls -al toaster-hero
-------A-----e-- toaster-hero
-rw-r--r-- 1 root root 0 Aug 14 20:14 toaster-hero
#
fazer,
# chattr -A toaster-hero
# lsattr toaster-hero && ls -al toaster-hero
-------------e-- toaster-hero
-rw-r--r-- 1 root root 0 Aug 14 20:14 toaster-hero
#
mas se você tiver um bit imutável,
# chmod 755 toaster-hero && chattr +Ai toaster-hero
# lsattr toaster-hero && ls -al toaster-hero
----i--A-----e-- toaster-hero
-rwxr-xr-x 1 root root 0 Aug 14 20:14 toaster-hero
enquanto você não pode chmod o arquivo, você ainda pode mod attr via chattr
# chmod 644 toaster-hero
chmod: changing permissions of 'toaster-hero': Operation not permitted
# chattr -A toaster-hero
# lsattr toaster-hero && ls -al toaster-hero
----i--------e-- toaster-hero
-rwxr-xr-x 1 root root 0 Aug 14 20:14 toaster-hero
então você precisa lsattr o arquivo para descobrir se o bit imutável está definido e desabilitá-lo, então você pode modificar permissões
# chattr -i toaster-hero
# lsattr toaster-hero
-------------e-- toaster-hero
# lsattr toaster-hero && ls -al toaster-hero
-------------e-- toaster-hero
-rwxr-xr-x 1 root root 0 Aug 14 20:14 toaster-hero
# chmod 644 toaster-hero && ls -al toaster-hero
-rw-r--r-- 1 root root 0 Aug 14 20:14 toaster-hero
#
a menos que você não tenha esses privilégios [su, sudo], então sim, você tem um problema.
Conforme seu esclarecimento, veja a resposta da Ferruccio aqui link