Eu não entendo completamente. você está tentando arrancar um cartão SD e salvar arquivos no disco rígido? ("Vou tentar responder mesmo assim")
Qual distribuição do Linux? Eu sei no ubuntu você pode dizer ubuntu onde instalar, como instalar, onde salvar outros arquivos, e até mesmo executar sem instalar! Com a maioria das Distros, arquivos não relacionados ao sistema operacional serão salvos no disco rígido por padrão.
O Ubuntu pode ser configurado / instalado de praticamente todos os modos imagináveis. Página oficial de instalação do Ubuntu