Parece que Ctrl + A + D é apenas um atalho para digitar "Sair" e enviar um retorno.
Se você não estiver na linha de comando, isso geralmente não terá as conseqüências pretendidas.
A melhor solução para o seu problema seria instalar o tmux (Terminal Multiplexor), isso permite que você execute programas / scripts / comandos (por exemplo, seu servidor de minecraft) em um terminal virtual que continua a rodar mesmo depois de desconectar. Além de ter muitos outros recursos úteis.