Idealmente, sua melhor opção seria encontrar um disco de recuperação do Windows. Existe um utilitário no disco de recuperação chamado bootsect.exe:
C:\Data>bootsect
bootsect {/help|/nt60|/nt52} {SYS|ALL|<DriveLetter>:} [/force] [/mbr]
Boot sector restoration tool
Bootsect.exe updates the master boot code for hard disk partitions in order to
switch between BOOTMGR and NTLDR. You can use this tool to restore the boot
sector on your computer.
Run "bootsect /help" for detailed usage instructions.
Se você não tem um disco de recuperação, você pode tentar baixar o executável em outro lugar, no entanto, não posso garantir a legitimidade de qualquer site que pretenda oferecer downloads de Microsoft .exe:
link
O utilitário pode ser executado dentro de um sistema operacional em funcionamento, mas não é incluído em uma instalação padrão - por isso, é o problema.