Finalmente, encontrei o motivo.
Eu uso o Apptivate para definir alguns keyshort globais para alguns aplicativos e defino cmd + shift + a para um aplicativo por engano e depois é excluído essa aplicação. (Mas eu esqueci completamente que fiz isso)
Então, por enquanto, quando pressiono cmd + shift + a , ele é capturado pelo Apptivate e tenta chamar um aplicativo inexistente sem nenhum aviso, e nada acontece na tela.
Foi corrigido quando removi essa configuração do Apptivate.