No Ubuntu (e outras distros que usam o sistema X windows) você pode simplesmente selecionar o texto com o mouse e colá-lo em outra janela clicando no botão do meio (roda) do mouse. É muito mais fácil do que mexer nas teclas de atalho do teclado.
Relacionado à sua pergunta - estou no Ubuntu 14.04 e tentei replicar o seu problema - e não consegui. Para mim, funciona como deveria em janelas e terminais com sshs neles.