Você pode criar um arquivo em lotes que mova todos os arquivos com a extensão fornecida:
@echo off
move ./.%1 "%2"\
e salve-o como ext.bat
%1
e %2
são parâmetros que representam o primeiro e o segundo argumentos, ou seja, a extensão e a pasta respectivamente.
Por exemplo, executando:
ext mp3 "C:\Users\John Doe\Music"
moveria todos os arquivos no diretório atual com extensão mp3
para o caminho especificado (relativo ou absoluto), que é Music
pasta do usuário John Doe
aqui.