O que você está descrevendo é assim: alguns emuladores de terminal podem ser instruídos a fingir que os eventos wheel-mouse são setas para cima / para baixo em vez de rolagem de página. Embora possa haver uma sequência de controle especial ou configuração (como alternateScroll com xterm), geralmente que é ativado pela mudança de tela cheia (ou tela alternativa) na descrição do terminal.
Embora a Apple não forneça documentação para as seqüências de escape do Terminal.app, vejo em Yosemite introduz rolagem por linha no Terminal uma dica de que eles fizeram isso também.
Se esta é a situação, você deve conseguir contornar usando uma descrição de terminal omitindo os controles 47 ou 1049 dos recursos smcup
e rmcup
(e dependendo se você usa screen
, tmux
ou nenhum, o conselho varia sobre como fazer isso - alguns dos conselhos são ruins, especificamente quando se diz apenas remover as capacidades).