Descoberto o truque: execute o Eclipse (apenas este uma vez , apenas para atualização) como root.
No terminal, execute
gksudo /opt/eclipse-luna/eclipse
ou qualquer que seja o caminho no seu sistema.
Em seguida, prossiga com a atualização. Isso funcionou atualizando o Luna de 4.4.0 para 4.4.1
Nunca corri para isso ao usar o Eclipse em um Mac.