Você não diz qual sistema operacional ou gerenciador de inicialização está usando, mas muitos carregadores de boot dependem de referências diretas do setor. Ou seja, o código de inicialização no MBR é um esboço rudimentar que informa ao computador, essencialmente, "executar o setor X para continuar", onde X é um valor de setor codificado, como 63 ou 2048 ou 27934920. O LILO faz isso, por instância. O gerenciador de boot MBR da Microsoft não faz isso, mas seu gerenciador de inicialização de segundo estágio (localizado no registro de inicialização da partição) faz isso, então o efeito pode ser o mesmo.
No passado, o alinhamento de cilindro era comum e, até hoje, muitos discos foram criados com ferramentas alinhadas aos cilindros por padrão. Esses discos normalmente iniciam a primeira partição no setor 63 e partições subseqüentes em valores estranhos que são múltiplos de qualquer tamanho que o cilindro (fictício) seja. Suponha que seu disco original tenha sido criado com ferramentas antigas ou mesmo com novas ferramentas configuradas para usar esse antigo sistema de alinhamento de cilindros. Além disso, suponha que você redimensione uma partição nesse disco com o GParted. Se for definido para o novo alinhamento do setor 2048, o resultado será que o início de qualquer partição redimensionada será movido, o que tornará o valor no carregador de inicialização incorreto. Se você fez isso com o conjunto de alinhamento de cilindros, o ponto inicial da partição provavelmente não será afetado. Além disso, as operações de redimensionamento de partição às vezes acabam movendo o conteúdo dos arquivos, portanto, mesmo que o ponto de início da partição não seja alterado, se houver referências baseadas em setores para os arquivos, elas poderão ser invalidadas. (Isso acontece mais frequentemente quando encolhendo uma partição do que ao crescer um.)
Em suma, redimensionar uma partição de inicialização corre o risco de torná-la não inicializável, pelo menos em computadores baseados em BIOS. (Os sistemas baseados em EFI são mais seguros porque seus gerenciadores de boot nunca, até onde sei, dependem de referências setoriais. No entanto, eles poderiam ser descartados por outras coisas, como o número de partições mudando.)