Se o seu gateway padrão for configurado via DHCP para o gateway A (seu proxy TMG), todos os PCs do cliente que enviarem endereços fora de suas respectivas sub-redes / vlan deverão ser enviados para esse gateway A, independentemente de se um proxy foi configurado em IE ou não. No entanto, a menos que haja um switch ou roteador de camada 3 entre os PCs clientes e o servidor proxy TMG, ele não pode ser um gateway válido.
O gateway B que você configurou que está diretamente conectado, é um switch L3, roteador ou apenas um switch L2 antigo?
Além disso, eu verificaria quais rotas você entrou no seu gateway B diretamente conectado (se for um dispositivo L3), porque isso pode causar problemas também.