Primeiro, verifique se a ferramenta de linha de comando está apontando para a versão mais recente do Xcode. Vá para o Xcode > Preferências, guia Locais, e certifique-se de que a lista suspensa "Ferramentas de linha de comando" é o Xcode 6.4 (no seu caso).
Você também pode baixar e instalar as ferramentas de linha de comando mais recentes para a sua versão do Xcode no site do portal do desenvolvedor da Apple.
Se o problema persistir (o que é improvável), simplesmente exclua o Xcode antigo na pasta de aplicativos e instale novamente. Todos os seus simuladores iOS não serão excluídos e você só precisará baixar simuladores adicionais disponíveis nas novas versões.