Para excluir seus arquivos de origem indesejados após cada operação FFmpeg bem-sucedida, você pode adicionar código de script ao final de seus comandos FFmpeg com um duplo comercial. Desta forma, a fonte não será excluída se o FFmpeg cometer erros por algum motivo, mas você ainda deve ser cauteloso ... Nada pior do que eliminar sua fonte antes de descobrir que você definiu os tempos de busca ou duração errados ao criar um clipe.
Exemplos
Isso excluiria os vids de origem listados em seu arquivo "join.txt" depois que você criasse seu vídeo concatenado:
ffmpeg -f concat -i /tmp/join.txt -c copy out.mov && \
for DELVIDS in 'awk '{print $2}' /tmp/join.txt'; do rm -f $DELVIDS; done
Isso eliminaria o arquivo 'input.mov' depois que você criasse seu clipe de 90 segundos:
ffmpeg -ss 00 -i input.mov -t 90 -c:v copy -c:a copy out.mov && rm -f input.mov