Você tem duas abordagens se quiser se restringir ao Microsoft Office.
A abordagem "tradicional" é criar um banco de dados do Microsoft Access com links para todas as planilhas. Você cria uma View que combina todos os dados.
Se, no entanto, você estiver usando uma nova versão (ish) do Excel e for capaz de instalar suplementos, você também pode fazer isso facilmente usando o suplemento gratuito do PowerQuery da Microsoft.
Com o powerquery, você cria uma consulta de mesclagem que extrai todos os dados das diversas planilhas e os mescla, o que pode ser filtrado, limpo, transformado e exibido como uma tabela "mestre" do Excel.