Com sua descrição mais completa do "problema", é fácil responder: essa é a operação normal do IE: uma instância para a janela de quadros e instâncias adicionais para cada guia.
Veja Como determinar quais guias do IE vai para qual processo IEXPLORE.EXE ... para uma descrição mais completa, mas basicamente, quando você olha para a linha de comando usada para iniciar cada instância, você verá:
"C: \ Arquivos de programas (x86) \ Internet Explorer \ IEXPLORE.EXE" : janela de quadros
"C: \ Arquivos de programas (x86) \ Internet Explorer \ IEXPLORE.EXE" SCODEF: m CREDAT: x / prefetch: 2 : guia 1
"C: \ Arquivos de programas (x86) \ Internet Explorer \ IEXPLORE.EXE" SCODEF: n CREDAT: y / prefetch: 2 : guia 2
onde m & n é o ID do processo (PID) do processo pai e x e y são números inteiros aleatórios.