Eu me sentei com o mesmo problema após atualizar para o 12.04 e instalar o Gnome Shell. Eu tentei desativar ALT + F1 de onde eu pude, sem sucesso.
Quando estava prestes a desistir, encontrei esta essência: link
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings panel-main-menu "[]" # disable Alt+F1
Créditos para o link