Devo reiniciar quando solicitado?
Sim, você deveria. Na maioria dos casos, uma reinicialização é necessária quando uma atualização para o kernel do Linux é instalada. Essas atualizações geralmente são atualizações de segurança e só entram em vigor após uma reinicialização. Atualizações para aplicativos normais, como o Firefox, entram em vigor após a reinicialização do programa. O Firefox deve solicitar que você faça isso automaticamente, mas outros programas podem não fazê-lo, então é algo que você deve ter em mente.
Como reiniciar:
Para reiniciar o computador no Ubuntu 12.04, clique no ícone de energia no canto superior direito da tela e selecione "Desligar ...". Na caixa de diálogo exibida, um botão "Reiniciar" deve estar visível. No Ubuntu 12.10, a opção de reinício aparece diretamente no menu power.
Para reiniciar a partir da linha de comando, execute este comando:
$ sudo reboot
As desvantagens de reiniciar:
No geral, reiniciar é uma operação muito segura e eu não consideraria isso inseguro. É claro que, quando você reinicia o computador, perde todas as informações na RAM, portanto, salve todos os documentos e arquivos abertos antes de desligar o computador. Enquanto você está reiniciando, seu computador ficará offline por alguns minutos. Se você estiver executando um servidor, ele ficará inativo por alguns minutos. Se você tiver uma sessão SSH aberta, ela será encerrada.