Tente usar o filtro de áudio apad para estender o fluxo com silêncio indefinido. Você deve ser capaz de adicionar um comando -af à sua string existente ...
-vf "[0]tinterlace=interleave_top" -af "[1]apad"
... ou altere sua string -vf para -filter_complex para manipular os comandos de filtragem de áudio e vídeo ...
-filter_complex "[0]tinterlace=interleave_top;[1]apad"
Note que os especificadores de fluxo de entrada ("[0]" para o x11grab e "[1]" para o fluxo de áudio) devem ser opcionais, mas algumas versões mais antigas do FFmpeg podem se confundir se eles não estão especificados.
Se a configuração do filtro não funcionar como está, talvez seja necessário incluir o sinalizador -shortest nos parâmetros gerais de saída (não como parte da string de filtro, por exemplo), por exemplo:
-filter_complex "[0]tinterlace=interleave_top;[1]apad" -shortest