Você pode imaginarmagick para fazer isso. Veja alguns exemplos do manual :
do produto convert rose: rose.gif
convert rose: -crop 40x30+10+10 crop.gif
convert rose: -crop 40x30+40+30 crop_br.gif
convert rose: -crop 40x30-10-10 crop_tl.gif
convert rose: -crop 90x60-10-10 crop_all.gif
convert rose: -crop 40x30+90+60 crop_miss.gif
E um loop de amostra pode executá-lo para todas as imagens. Algo como:
for i in 'ls in\'
do
convert $i -crop 40x30+10+10 out/'basename $i'
done
Acima eu suponho que os arquivos estão no diretório in / out e os arquivos serão armazenados no diretório out /